南曲与北曲虽同为昆曲但在其分离之初与后来的发展中，它们受南北不同地域文化的影响而形成两种风格各异又可以互补的类型。它们最主要的差异在于：
1.音阶。在记载昆曲的工尺谱里，北曲是按七声音阶记录的，南曲则按五声音阶(不记乙、凡二字)，但实际演唱中，乙、凡作为经过音、装饰音也常常出现。
2.读字。北曲遵循《中原音韵》，四声分阴(阴平)阳(阳平)上去，念字多从普通话;南曲遵循《洪武正韵》，念字多从苏州话。
3.调和韵。北曲一出戏一韵一调到底;南曲一出戏不限一调，也可以换韵。
4.词曲关系。北曲一般为“辞情多”(词位较密)，“声情少”(拖腔较少);南曲则“声情多”“辞情少”，吐出一个字来，常常要在一段腔(音乐)里上下游曳好一阵，才进入下一个字。
5.旋法特点。北曲常用四、五度及八度以上的跳进，造成旋律激越、舒朗的阳刚之气;南曲则多用五声级进，因此其旋律缠绵委婉。
6.唱法特点。北曲发声较“硬挺直截”，“以遒劲为主”;南曲讲究吞吐收放，追求声音的起伏多变。且因南曲常用入声字，其“短促即收藏”的特点，与音乐结合时就需“逢入必断”，而乐句的内在关系又是相连的，在演唱时便造成极有特色的“断中有连”。
7.剧目。北曲用于武打剧目较多;南曲则侧重用于文戏。
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